Uma grande diferença entre os dois ambientes refere-se ‘a grande absorção de luz que ocorre no ambiente aquático. A água absorve a luz nos primeiros 100 metros de profundidade (águas claras) limitando a ocorrência de fotossíntese à essa zona iluminada e fazendo com que vegetais e herbívoros restrinjam-se a esta estreita faixa. Além disso, existe o fato da absorção da luz pela água ocorrer de forma diferencial, dependendo do comprimento de onda, aocontrário do ambiente terrestre, onde todo o espectro solar chega a todos os lugares.
No ambiente aquático os organismos não sofrem dessecação, não havendo a necessidade de peles impermeáveis (animais) ou raízes para obtenção de água(vegetais).
Quanto ‘as diferenças químicas, a menor concentração de oxigênio no ambiente aquático torna-se fator limitante para as comunidades.
Devido ‘ a estabilidade do ambiente marinho, alterações na temperatura, gases dissolvidos, pressão, etc, são mais críticos para as comunidades que no ambiente terrestre.
Os organismos aquáticos habitam um meio denso e tridimensional. Devido ‘a densidade da água, encontramos diferentes estruturas entre os organismos que habitam esse meio, sendo que alguns grupos tendem a flutuar e outros, mesmo que ligados ao substrato, não necessitam de estruturas fortes para os sustentarem (madeira), o meio os sustenta.
Essas diferenças no material estrutural e estoque de energia implicam em diferenças nos compostos bioquímicos dominantes nos organismos em ambos os ambientes. Seres aquáticos tendem a ter as proteínas como material orgânico dominante enquanto que no ambiente terrestre o principal material passa a ser o carboidrato. Como conseqüência dessas diferenças temos crescimento mais rápido, com pouco estoque energético e vida mais curta dos animais aquáticos em relação ao terrestres.
A formação das cadeias alimentares nesses dois ambientes também são muito diferentes. No ambiente terrestre temos predominantemente grandes produtores com herbívoros também de grande porte, como os ruminantes por exemplo. No ambiente aquático a fotossíntese é realizada em sua maior parte por seres microscópicos levando ‘a ocorrência de herbívoros também muito pequenos .
Devido ‘a essas diferenças morfológicas e estruturais temos mecanismos de alimentação, entre eles a filtração, dominantes no ambiente aquático e praticamente inexistente no ambiente terrestre. No processo de filtração, animais e vegetais (plâncton) extremamente pequenos e que flutuam ‘a deriva nas correntes de água são capturados por estruturas especiais que funcionam como redes e estão presentes em animais maiores.
Todos as características físicas, químicas e biológicas descritas acima refletem na complexidade das cadeias alimentares. A maior variedade de vegetais e animais que habitam os mares e rios é reflexo do maior número deambientes neles existentes, uma vez que as características biológicas de um organismo são reflexo das condições do ambiente no qual ele vive.